Od počátku 15. století již můžeme hovořit o městě s vlastním znakem, hrdelním právem a ambicí stát se městem královským. Bohužel husitské války se podepsaly na Mníšku tak jako na celém království. Jan z Lestkova patřil mezi přívržence katolické strany a snad i proto byla za husitských válek mníšecká tvrz pobořena. Po skončení husitských válek přišli v roce 1487 do Mníšku Vratislavové z Mitrovic. V roce 1503 král Vladislav Jagellonský vyvazuje panství z manského úvazku a Mitrovici se na více než 150 let stávají suverénními mníšeckými pány. Za jejich panování jsou zmiňovány tři podzámecké rybníky a pivovar s výrobou speciálního černého piva. Během třicetileté války městem několikrát projde švédské vojsko. Nejhorší je rok 1639, kdy je vypálena mníšecká tvrz, kostel i fara, zničen vodovod a protrženy hráze rybníků. Mníšek i okolní vsi a osady byly v troskách a na čas téměř vylidněny. Roku 1655 koupil zpustlé panství bohatý pán Engel z Engelsflussu a bylo to veliké štěstí pro Mníšek, protože Engel a jeho potomci pozvedli celý kraj. Za poddané po určitý čas platil daně, obnovil vodovod, postavil zámek, klášter s kostelíkem Skalka na brdském hřebeni a na místě válkou vypálené a pobořené vsi vzniká živé městečko.