V písemných pramenech z roku 1305 se o Krupce stále hovoří jako o místě, „kde se kope“. Tedy nikoli jako o městě. O Krupce jako o městě se poprvé hovoří v listinách z roku 1330, kdy král Jan Lucemburský daroval Krupku rodu Koldiců, kteří byli věrnými spojenci českých panovníků. V tom roce již stály hrady Rosenburg a Kyšperk. Město Krupka tedy pravděpodobně muselo vzniknout mezi roky 1305 a 1330. Kromě dvou již zmíněných hradů se v okolí Krupky nacházely dvě tvrze – Starý dvůr (Althof), jehož zbytky se zachovaly dodnes, a Šejnov, která byla zničena za husitských válek. Obě tvrze ležely v dnešním Bohosudově. Na začátku 15. století se Krupky a okolních obcí, tak jako většiny Čech, dotkly husitské války. Majitel Krupky Albrecht z Koldic a krupští měšťané byli věrnými spojenci císaře Zikmunda. Ke Krupce se husité poprvé dostali v roce 1426 po vítězné bitvě u Ústí nad Labem (bitva na Běhání). Husité pronásledovali prchající křižáky a v místech, kde dnes leží Bohosudov, jich údajně asi tři sta pobili. Potomci padlých rytířů nechali na tomto místě postavit kapličku, kolem které kolem roku 1500 vznikla vesnice – dnešní Bohosudov. V téže době husité vypálili světecký klášter. Přeživší jeptišky se skrývaly v lesích kolem Krupky. Poslední z nich schovala sošku Panny Marie do lípy v místě, kde dnes stojí bohosudovská bazilika. K této sošce se váže vznik poutní tradice v Bohosudově. První pouť se konala roku 1610. V následujících letech se husité dostali ke Krupce ještě dvakrát, a to v roce 1429 a v dubnu roku 1433, kdy dobyli hrad i město. Po husitských válkách se město dočkalo nebývalého rozkvětu. Původní získávání rudy z naplavenin rýžováním vystřídala těžba ve skále, a to nejprve povrchová, ale od 15. století již hlubinná. Jen tak mohli horníci získat více rudy. Hlubinná těžba probíhala tak, že se nejprve razila úzká chodba sledující bohatou žílu, která byla později rozšiřována. Byla to vysilující práce v tvrdé skále. Používalo se ohně, který způsobil, že hornina popraskala a dala se lépe vytěžit. Svahy nad Krupkou jsou poseté zbytky těchto dolů. Tyto nové metody způsobily, že v průběhu 15. století vzrostla produkce cínu trojnásobně a v 16. století ještě o polovinu. Těžební území zasahovalo až po Cínovec a Dubí. O rozmachu těžby svědčí i dochovaný opis horního řádu z roku 1487. Když v roce 1469 uzavřel král Jiří z Poděbrad hraniční smlouvu se Saskem, zůstala většina nalezišť cínu na české straně.