Velký rozkvět zažilo za vlády Lucemburků, kdy získalo různá práva, např. právo mílové, právo užívání příjmů z pozemků a právo výročního trhu. Zprvu obyvatelstvo Klatov tvořili převážně Němci, ale postupně se město zalidňovalo českým obyvatelstvem. V husitských dobách bylo město husitské. Po bitvě u Lipan stálo při králi Jiřím z Poděbrad. Město dále rozkvétalo, v roce 1547 bylo dokonce uváděno jako sedmé nejbohatší město v Čechách. V roce 1547 se začíná také stavět Černá a Bílá věž, renesanční radnice, farní chrám a nové městské domky.