Oblast byla osídlena v dávných dobách, o čemž svědčí archeologické nálezy šňůrové keramiky z pozdní doby kamenné, kostrové hroby z doby římské a z éry stěhování národů. Slovanské osídlení zde bylo prokázáno již v 6. století. Nejstarší písemná zmínka o Bohušovicích (Bvsouici) se váže k ustavení litoměřické kapituly roku 1057. Původní název osady zněl Busovice a později Bušovice. Osada se rozkládala na pahorku zvaném Citomín na severovýchodě. Dalším držitelem byl doksanský klášter a od roku 1384 litoměřická kapitula, která zde nechala postavit kostel. Za husitských válek stálo místní obyvatelstvo na straně stoupenců kalicha. Roku 1460 zastavil Zikmund obec Vílému z Konic a na Kamýku, odkud přešli ke Kaplířům ze Sulevic a nakonec zpět doksanskému klášteru. Za třicetileté války vpadli do obce roku 1631 Sasové a roku 1634 Švédové. Ti osadu vypálili včetně kostela. Nový kostel sv. Prokopa byl vystavěn v roce 1718. Obcí prošlo za sedmileté války pruské vojsko (viz článek bitva u Lovosic). Do života obce zasáhla i výstavba pevnosti Terezín v roce 1780. Významným podnětem k rozvoji obce se stala stavba železnice z Prahy do Drážďan (ke zprovoznění zdejšího úseku došlo v roce 1850) a postavení cukrovaru v roce 1870. Později byla vystavěna i mlékárna a pivovar. První statut města byl udělen roku 1920, během 2. světové války byl nacisty odebrán. Znova byl statut města Bohušovicím nad Ohří udělen 6. října 1998.